Manisa ve çevresinin arkeoloji yönünden son derece zengin olmasından ötürü, ilk defa Manisa’da bir müze kurulması 1934 yılında düşünülmüştür. O zamanki Halkevi’nin çabaları Manisa’da görevli öğretmen ve diğer gönüllü kişiler yöreden eser toplamaya başlamışlardır. Vali Murat Germen’in önderliğinde Sultan III.Murat tarafından yaptırılan Manisa Muradiye Külliyesi’nin medresesi 1935 yılında restore edilerek toplanan eserler buraya taşınmıştır.
Başlangıçta depo şeklinde olan medrese, 1943 yılında Manisa Müzesi olarak ziyarete açılmıştır. Müze Müdürlüğüne Halkevi Tarih ve Müze Şubesi başkanı Vahit Armağan getirilmiştir. Bundan sonra Muradiye Medresesi 1958-1962 yıllarında ziyarete kapatılarak Vakıflar Genel Müdürlüğü’nce onarımına başlanmış ve bu onarım Y.Mimar Süreyya Yücel tarafından yapılmıştır. Onarım tamamlandıktan sonra Müze yeniden düzenlenmiş, külliyenin imarethane bölümü de müzeye katılmıştır.
Manisa Arkeoloji Müzesi, arkeoloji ve etnoğrafya eserleri olmak üzere iki bölüm halindedir. Arkeolojik eserler külliyenin imarethanesinde, etnoğrafik eserler de medrese kısmında teşhir edilmiştir.Müzenin arkeolojik eserler bölümünde Lydia Bölgesindeki höyük yerleşmeleri, Philadelphia (Alaşehir), Thyatira (Akhisar), İulia-Gordos (Gördes), Apollonis (Mecidiyehisar), Magnesia ad Sipylum (Manisa), Attalia (Selçuklu-Akhisar), Daldis (Kemer-Salihli), Tabala (Yurbaşı-Kula), Maioneia (Meye-Kula) gibi antik şehirlerden getirilmiş olan eserler sergilenmiştir. Müzede bu eserlerin yardımıyla Tunç Çağı ile Bizans dönemi arasındaki dönemler kronolojik bir şekilde teşhir edilmiştir. Bunların yanı sıra Kyble, Athena, Aphrodite, genç kız, genç atlet heykelleri, Meryem-İsa, Cebrail ve Mikail’in mermer rölyefleri; Sardes’teki tonozlu mezardan getirilen tavus kuşlu mezar freski, gümüş İncil muhafazası, çeşitli kandiller müzenin başlıca eserleri arasında gelmektedir. Ayrıca Prehistorik, Arkaik, Klasik, Helenistik, Roma ve Bizans dönemlerine tarihlenen altın mücevherler, bronz figürinler, fildişi saç tokaları gibi küçük buluntular da onları tamamlamaktadır.
Sardes’te 1957 yılında başlayan ve günümüzde de devam eden kazılarda ortaya çıkarılan çeşitli buluntular, sinagog mozaikleri, kitabeler, steller ve mil taşları da bulunmaktadır. MÖ.25.000 yıl öncesinde yaşamış olan insan fosil ayak izleri, Prehistorik Çağlarda ve Tunç Çağı’nda ölü gömme kültüne ilişkin örnekler, keramikler, rytonlar, mermer idoller, Klozomenai’den getirilen pişmiş topraktan lahitler ve Miken dönemi eserleri de sergilenmektedir.
Müzenin etnoğrafya bölümünde Manisa Ulu Cami minberinin ahşap kapı kanatları, XVI.yüzyıl çinileri, XVII.-XVIII.yüzyıla ait çeşitli yazmalar, kesici ve delici silahlar ile yöresel etnoğrafik eserler bulunmaktadır.
